1、根據施用方法選擇。如果用于沖洗、滴灌或葉面噴灑，建議使用腐植酸鉀、腐植酸銨或黃腐酸銨。如果用作基肥，建議選擇腐植酸銨或硝基腐植酸銨等肥料，施用時注意將其埋入土壤中，因為腐植酸銨是腐植酸和碳酸氫銨的結合產物，容易揮發，不建議洗施或噴葉。此外，不要在pH值較高的土壤（鹽漬土）中施用腐植酸鈉。

2、根據農作物喜好和生長節選擇。比如種植戶種植的是果樹，那么秋季施磷鉀肥，春季施氮肥，發芽分化施磷鉀肥，氮肥、鉀肥、鈣肥和微肥在果實膨大期施用。另外，施肥要結合作物的喜好，例如果樹、茄科果蔬、煙草、甘蔗等都是喜鉀作物，以腐植酸鉀肥效果較好。

3、根據農作物種類和預算選擇。腐植酸肥料按養分種類和數量可分為腐植酸單質肥料、腐植酸復合（混）肥、腐植酸有機肥、腐植酸有機無機復合肥和微量元素腐植酸肥。

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